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         坚持小班授课,为保证培训效果,增加互动环节,每期人数限3到5人。
     上课时间和地点
  上课地点:【上海】:同济大学(沪西)/新城金郡商务楼(11号线白银路站) 【深圳分部】:电影大厦(地铁一号线大剧院站)/深圳大学成教院 【北京分部】:北京中山学院/福鑫大楼 【南京分部】:金港大厦(和燕路) 【武汉分部】:佳源大厦(高新二路) 【成都分部】:领馆区1号(中和大道) 【沈阳分部】:沈阳理工大学/六宅臻品 【郑州分部】:郑州大学/锦华大厦 【石家庄分部】:河北科技大学/瑞景大厦 【广州分部】:广粮大厦 【西安分部】:协同大厦
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     质量保障
 

        1、培训过程中,如有部分内容理解不透或消化不好,可免费在以后培训班中重听;
        2、课程完成后,授课老师留给学员手机和Email,保障培训效果,免费提供半年的技术支持。
        3、培训合格学员可享受免费推荐就业机会。

 
课程大纲
   
 
生物信息数据处理与Perl语言编程应用专题培训班

培训大纲:

一、Perl的基本语法
1.变量:标量,数组(一维数组和二维数组)和哈希
2.数据结构:循环,条件
3.常用函数
二、文件与目录操作
1.文件的读入与输出
2.文件测试
3.目录操作
三、正则表达式
1.匹配操作符及修饰符
2.替换操作符及修饰符
3.转换操作符
四、子函数、包和模块
1.子函数
2.包
3.模块
五、Bioperl简介和常用的模块
1.简介
2. Bio::SeqIO
3.其他模块简介
六、在NGS中应用范例
主要通过实例讲解文件的输入与输出,常用生物学格式的读取与操作;文件的过滤与合并等。具体实例如下:
1.根据ID提取FASTA序列(数据筛选)
2.根据位置提取FASTA序列(函数,包括反向互补等的实现)
3.统计FASTA序列GC含量(哈希解决统计数目类问题)
4.统计大于指定长度的FASTA序列(数据筛选)
5.提取GFF3文件中多外显子基因的注释信息(二维数组与哈希)
6.FASTQ序列按照指定的Read数目进行切割(文件分割)
7.FASTA序列切割成一条序列一个文件,并用序列ID进行命名(文件操作)
8.提取有完整编码框的(有起始密码子和终止密码子)CDS序列(正则)
9. GFF3与GTF互相转换(格式转换)
10.将DNA翻译为蛋白质序列(正则)
11.提取指定基因的GFF3注释信息(筛选)
12.将每一个样本的FPKM值合并到一个文件中(文件合并)
13.根据Identity和Coverage筛选BLAST结果(过滤)
14.坐标转换(数据转换)
15.提取指定位置的基因注释信息(提取)
七、CPAN简介

 

        Troubleshooting Java Applications
                Classpath Errors
                Class Loaders
                Common Java Errors
        Troubleshooting Servers
                Native Libraries
                Threading Architecture
                Work Managers
                Deadlocks
                Overload Protection
                Deployment Problems
        Troubleshooting JDBC
                Data Source Management
                Diagnostics
                Debug Flags
                Connectivity Problems
                Connection Leaks
                Database Availability
        Troubleshooting JMS
                Management
                MBean Hierarchy
                Message Logging
                Diagnostics
                Debug Flags
                Overload Protection
                Lost Messages
                Duplicate Messages
        Troubleshooting Security
                SSL Internals
                Keystore Management
                Debug Flags
                Common SSL Problems
                Certificate Validation
                Embedded LDAP
                Security Audit
                Common LDAP Problems
        Troubleshooting Node Manager
                Internals
                Security
                Common Issues
        Troubleshooting Clusters
                Plug-in Configuration
                OHS Overview
                Plug-in Connectivity
                Plug-in Diagnostics
                Unicast Communication
                Replication Debug Flags
                Typical Replication Issues
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